Epigenetinės reguliacijos modelis pagal genetinio kodo matematines ypatybes (MEGRAC)

 

Projekto nr.: INP2025/7

Projekto aprašymas:

Epigenetiniai mechanizmai atlieka svarbų vaidmenį genų raiškos reguliacijoje homeostazėje, o taip pat ir yra glaudžiai susiję su įvairiomis ligomis, įskaitant širdies ir kraujagyslių ligas, metabolines bei uždegimines būkles. Šių procesų matematinis modeliavimas išlieka iššūkiu dėl sudėtingos biologinės prigimties ir duomenų ribotumo. Genetinio kodo matematinės struktūros, epigenetinių požymių, normalios ląstelės funkcijos ir patologijos sąsaja yra labai mažai ištirta.
Šio projekto tikslas – įvertinti, ar genetinio kodo matematinės savybės gali būti susijusios su genetinių požymių variacijomis, ir, remiantis tuo, pasiūlyti įrankį, kuris galėtų prognozuoti genų reguliacijos būseną. Tyrimo metu planuojama taikyti standartinius matematinius metodus (vidurkis, dispersija, entropija), dirbtinį neuroninį tinklą, bei plėtoti naujus algebrinius požymių išskyrimo metodus genetinėms sekoms. Sukurti požymiai bus integruojami su biologiniais duomenimis – DNR metilinimo profiliu, genų raiškos duomenimis, patologiniais ląstelės požymiais bei metaduomenimis – formuojant unikalų ir išplėstinį tyrimų rinkinį.

Projekto finansavimas:

KTU Mokslo fondas

Projekto rezultatai:

Skirtingai nei dauguma tyrimų, šio projekto rezultatas bus ne tik in silico modeliavimas, bet ir laboratorinis – eksperimentinis patvirtinimas, tiriant HUVEC (žmogaus endotelio) ląstelių kultūras in vitro. Tokiu būdu bus įvertintas sukurtų matematinio modeliavimo sprendimų funkcionalumas biologinėje sistemoje. Projekto rezultatai padės nustatyti naujus epigenetinius biožymenis, svarbius ląstelės būklei ir uždegiminiams procesams, ir sukurs pagrindą tolesniems personalizuotos medicinos sprendimams.

Projekto įgyvendinimo laikotarpis: 2025-04-17 - 2026-02-27

Projekto partneriai: Lietuvos sveikatos mokslų universitetas